El topónimo «Bédar» parece proceder del íbero, así lo indicó el lingüista y filólogo español Joan Corominas, que en su Onomasticon Cataloniae indica que procede del íbero-vasco (bide/beda) “camino” del que cita como ejemplo precisamente al pueblo de Bédar. Otros autores, como Georges Díaz-Montexano, sostienen la teoría del origen paleo-Euroasiático del íbero, Así, en Eurasia se encuentra el mongol bide- «viaje» y el altaico peda, beda «vado». No ha de sorprender que en un documento de 1495 se utilice el topónimo «Vidar» (Un padrón de los mudéjares de la “Tierra” de Vera en 1495. Victoriano del Cerro Bex, Chronica Nova 11, 1980, 57-87). Esta hipótesis se ve reforzada con la documentación de lo que parecen ser dos ponderales íberos en lo que hoy es el castillo de los moros. No ha de extrañar la posible presencia de un asentamiento íbero en esta zona, tan rica en minerales (hierro, plomo y cobre), si tenemos en cuenta que en la cercana Cadima está documentada una fase también íbera, que fue seguida de otra romana con una ocupación ininterrumpida desde el siglo II a.C. hasta la llegada de los musulmanes en el siglo VIII d.C. En este contexto cobra sentido la presencia de un asentamiento en lo que debió ser un camino de acceso al interior de la sierra, de ahí a ese sentido de «paso» o «camino».

Durante la época romana y tardo-romana la población de lo que después será la tierra de Vera estaba ubicada principalmente en núcleos de la costa y cuencas de los ríos Aguas y Almanzora (Baria, Cadima, Roceipón y Mojácar la Vieja). Estos pueblos empezaron a declinar, acabando despobladas, mientras aparecían poblaciones situadas en la sierra. Juan Grima expone los factores que propiciaron el abandono de estos núcleos y la aparición de asentamientos situados en las sierras circundantes. En el siglo III se inicia una crisis con el declive de la esclavitud, la ruralización de la zona y expansión de la gran propiedad, la llegada de los bárbaros tras la caída del Imperio romano de occidente y la posterior ocupación bizantina de la zona. La crisis afecta especialmente nuestra comarca, prolongándose y siendo de especial relevancia entre los siglos VIII y XIII bajo el dominio musulmán. Fue en este periodo en el que parece que se fundaron diversas poblaciones situadas en la sierra, buscando zonas más protegidas. Desconocemos completamente si hubo continuidad del asentamiento en Bédar hasta la llegada de los musulmanes. A pesar de no existir ninguna prueba, es muy posible que durante el periodo romano se continuaran explotando las minas, especialmente las de plomo y cobre de El Pinar, ya que sí existen datos documentales que se explotaron durante la época de dominación musulmana, tanto las de hierro de Serena como las de El Pinar.

En todo caso, tras el abandono de las ciudades del valle, una parte de esa población debió asentarse en Bédar, como lo hizo también en Serena y otras poblaciones de la sierra como Cabrera o Teresa. Tras la invasión musulmana, esta población debió estar formada por mozárabes (cristianos que siguen profesando su fe bajo dominio musulmán). En este sentido se han recogido algunas palabras en Bédar de origen mozárabe , como por ejemplo la forma payuelas (viruelas) o el topónimo Fornos. Esta población mozárabe debió convirtiéndose poco a poco al islam (mudéjares) y no es descartable la llegada otros pobladores, posiblemente bereberes, que implantaron un aprovechamiento del agua que favorecería el desarrollo de los cultivos. Destacan las pinturas murales de la Balsa Alta, precisamente una balsa de agua, que han sido datadas en el siglo XI, así como otros restos documentados como un amuleto en plomo de la misma época.

No hay que olvidar que en la vieja ciudad romana de Cadima persistió una alquería durante el periodo califal y de las primeras taifas, tal y como lo demuestran varios hallazgos documentados en esa zona. Sin duda debieron mantenerse estrechas relaciones entre ambos núcleos de población.

Los mozárabes que hubieran podido quedar en Bédar debieron marcharse el año 1125 durante la incursión del rey aragonés Alfonso I el Batallador, ya que los que no huyeron con él fueron expulsados como venganza por los almorávides. La población bereber de Bédar fue la que implantó las nuevas técnicas de aprovechamiento del agua que permitió que durante el reino nazarí Bédar contara con una huerta productiva y se criara gusano de seda, lo que le otorgó cierta prosperidad. Sin embargo, conforme la frontera con los cristianos se iba acercando, los conflictos comenzaron a volverse frecuentes.

En el año 1304, una tropa compuesta de unos 400 jinetes y 150 infantes asolaron la tierra de Vera, quemando y talando el terreno. En 1316 se firmó un pacto entre Castilla, Murcia y Granada para pacificar la frontera oriental, pero duró poco y en el 1319 volvieron los ataques de los cristianos. Se sabe que en 1436 las tropas murcianas ocuparon Bédar, pero no Serena. Bédar permaneció bajo dominación cristiana hasta que fue recuperada por las tropas nazaritas entre 1446 y 1447, bajo el reinado de Muhammad X “El Cojo”.

El 9 de julio de 1488 el marqués de Cádiz se acercó a Vera y tras dialogar con su alcalde se acordó la entrega de la plaza al día siguiente. El día 12 Mojácar también fue tomada. Tras la caída de estas dos ciudades nazaritas, las demás poblaciones también se entregaron. Los habitantes de las alquerías y villas de Teresa, Cabrera, Sorbas, Mojácar, Bédar y Lubrín acudieron a Vera (el campamento estaba ubicado en el Real de Antas) para rendir homenaje al rey Don Fernando. Este hecho se refleja en el escudo de Bédar con una llave entre dos torres terrazadas árabes de oro. El Macarche, por Bédar y Almaf Canif por Serena, se entregaron al rey Don Fernando. Tras la conquista, las fortalezas de Bédar y Serena fueron derribadas para evitar que fueran utilizadas en caso de sublevación.

La parroquia de Bédar se creó el año 1505 con la conversión forzosa de la población musulmana (mudéjares), convertidos así en moriscos. La cristianización del antiguo reino musulmán de Granada supuso en la práctica que se utilizaran las antiguas mezquitas para el culto católico. Así pasó con las de Bédar y Serena. Tras un periodo de utilización se decició la construcción de nuevas iglesias. Así, en 1501 se promulgó una Bula para la construcción de las iglesias del Arzobispado de Granada, haciéndolo en 1505 las de la diócesis de Amería. La mayoría ya estaban construidas cuando se produjo la sublevación de los moriscos.

Se trataban de pequeñas iglesias rurales que, a parte de ofrecer los servicios religiosos, sirvieron de refugio ante ataques de piratas o monfíes. La función de fortaleza de la iglesia de Bédar. El edificio original, sin las ampliaciones posteriores, daba una impresión de solidez, con sus muros altos sin grandes ventanas y con su sólida torre provista de saeteras defensivas.

Con la sublevación de los moriscos de 1568 muchas de estas iglesias fueron parcialmente destruidas o incendiadas, por lo que tuvieron que ser reconstruidas a partir de 1570, cuando finalizó el levantamiento. Es por eso que varias de estas iglesias de la diocesis de Almería ostentan el escudo del obispo de Almería Antonio Corrionero (1558-1570). Con respecto a las iglesas de Bédar, el LAR es claro en este sentido: se indica que la iglesia de Bédar era nueva y buena para que se pudiera celebrar el culto divino, y otra “iglesia vieja” que se menciona al describir las propiedades de moriscos y cristianos viejos. Esta «iglesia vieja» se corresponde con la antigua mezquita de Bédar, que se ubicaba no lejos de a actual iglesia, tal y como hemos podido documentar.

La despoblación en Bédar y Serena se mantuvo durante mucho tiempo, los archivos parroquiales de la iglesia de Santa María de la Cabeza de Bédar no se inician hasta 1682,cuando en otros lugares cercanos se inician mucho antes, como pasa en Antas (1612) o Turre (1660). Conforme fue aumentando la población estas iglesias se empezaron a quedar pequeñas, por lo que tuvieron que ser ampliadas la mayoría de ellas durante los siglos XVII y XVIII. Las ampliaciones en la de la iglesia de Bédar datan de esa época.